個人簡介
劉藝斌，武漢大學化學與分子科學學院教授、博士生導師。2010年和2015年于北京大學化學與分子工程學院分別獲得學士和博士學位，導師為趙美萍教授。2015年在哈佛大學醫(yī)學院Dana-Farber癌癥研究所從事博士后研究，在COLD-PCR技術發(fā)明人Mike Makrigiorgos教授指導下開發(fā)出富集檢測癌癥相關的低豐度DNA突變以及異常甲基化的方法。2017年至2020年在牛津大學Nuffield醫(yī)學院Ludwig癌癥研究所宋春嘯課題組擔任博士后研究員，開發(fā)出新的單堿基分辨率、非重亞硫酸鹽的DNA甲基化測序方法TAPS，用于臨床腫瘤樣本及血漿游離DNA的全基因組甲基化和羥甲基化修飾的分析。作為共同創(chuàng)始人在牛津大學科研轉化平臺上創(chuàng)建了癌癥早篩公司Base Genomics，被行業(yè)領軍企業(yè)Exact Sciences收購。共發(fā)表學術論文16余篇，被引用430余次。其中第一作者論文發(fā)表在Nature biotechnology、Nucleic acids research、Nature communications、 Genome biology等國際知名期刊。入選國家海外高層次人才引進青年項目以及武漢大學泰康生命醫(yī)學中心PI，2022 年10 月入職武漢大學。本課題組長期招收博士后、博士生及碩士生，歡迎感興趣的同學加入。
教育經歷
2006.9-2010.7 北京大學化學與分子工程學院 學士
2010.9-2015.6 北京大學化學與分子工程學院 博士
工作經歷
2015.6-2016.8 哈佛大學醫(yī)學院Dana-Farber癌癥研究所 博士后
2016.8-2017.7 Genefirst Ltd UK 高級科學家
2017.7-2020.3 牛津大學Nuffield醫(yī)學院Ludwig癌癥研究所 博士后
2020.3-2020.10 Base Genomics Ltd 共同創(chuàng)始人
2020.10-2022.8 Exact Sciences Associate director
2022.10-至今 武漢大學化學與分子科學學院 教授 泰康生命醫(yī)學中心PI
研究方向
DNA甲基化作為表觀遺傳學的重要現象之一，在胚胎發(fā)育等生命過程中起著重要的調控作用，并且與癌癥等多種疾病密切相關。傳統(tǒng)的亞硫酸氫鈉測序法(BS-Seq)是目前DNA甲基化檢測的金標準，然而其缺點也十分突出，比如劇烈的反應條件損傷DNA、轉化后序列的復雜性差降低覆蓋率。我的研究興趣是采用化學和生物化學的方法開發(fā)針對DNA甲基化分析的新技術，應用于以癌癥早篩為主的相關生物醫(yī)學研究領域。例如TET酶氧化輔助的吡啶硼烷測序法(TAPS)，在測序起始量、測序成本和測序數據質量等方面都具有明顯優(yōu)勢，有望替代BS-Seq成為DNA甲基化檢測新的金標準，目前已經實現了商業(yè)轉化。研究方向包括：
(1) 單細胞多組學方法用于癌癥基礎醫(yī)學研究
(2) 基于異常DNA甲基化和羥甲基化檢測的癌癥早期診斷技術的開發(fā)
(3) 新型測序平臺（例如第三代單分子長讀長測序）在癌癥診斷方面的應用
代表成果
(1) Yibin Liu, Paulina Siejka-Zielińska, Gergana Velikova, Ying Bi, Fang Yuan, Marketa Tomkova, Chunsen Bai, Lei Chen, Benjamin Schuster-B?ckler, Chun-Xiao Song. Bisulfite-free direct detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at base resolution. Nature biotechnology, 2019, 37, 424-429
(2) Yibin Liu, Chen Song, Ioannis Ladas, Mariana Fitarelli-Kiehl, G Mike Makrigiorgos. Methylation-sensitive enrichment of minor DNA alleles using a double-strand DNA-specific nuclease. Nucleic acids research, 2017, 45, e39
(3) Yibin Liu, Zhiyuan Hu, Jingfei Cheng, Paulina Siejka-Zielińska, Jinfeng Chen, Masato Inoue, Ahmed Ashour Ahmed, Chun-Xiao Song. Subtraction-free and bisulfite-free specific sequencing of 5-methylcytosine and its oxidized derivatives at base resolution. Nature communications, 2021, 12, 618
(4) Yibin Liu, Jingfei Cheng, Paulina Siejka-Zielińska, Carika Weldon, Hannah Roberts, Maria Lopopolo, Andrea Magri, Valentina D’Arienzo, James M Harris, Jane A McKeating, Chun-Xiao Song. Accurate targeted long-read DNA methylation and hydroxymethylation sequencing with TAPS. Genome biology, 2020, 21, 54
(5) Yibin Liu, Junqiu Zhai, Shan Huang, Simin Fang, Meiping Zhao. Construction of Antibody-like Nanoparticles for Selective Protein Sequestration in Living Cells. Construction of antibody-like nanoparticles for selective protein sequestration in living cells. Nanoscale, 2015, 7, 7162-7167
